醫(yī)院始建于1976年，前身為溫州醫(yī)學(xué)院白求恩門診部，1982年成立溫州醫(yī)學(xué)院附屬第二醫(yī)院。1988年兼掛溫州醫(yī)學(xué)院附屬兒童醫(yī)院牌子。1991年在臺(tái)胞何朝育先生捐助下，新建兒童醫(yī)院大樓，同時(shí)將兒童醫(yī)院更名為溫州醫(yī)學(xué)院附屬育英兒童醫(yī)院。2004年增掛浙江省立育英醫(yī)院。2005年兼并溫州心血管病醫(yī)院。2009年4月設(shè)立“附二醫(yī)骨科醫(yī)院”和“附二醫(yī)婦產(chǎn)醫(yī)院”兩個(gè)院中院。目前設(shè)鹿城院區(qū)（學(xué)院路部、南浦部）、龍灣院區(qū)（總部，含實(shí)驗(yàn)中心、康復(fù)中心）、甌江口院區(qū)等多院區(qū)。其中，17萬(wàn)平方米的龍灣院區(qū)、16萬(wàn)平方米的甌江口院區(qū)將在1-2年內(nèi)陸續(xù)開業(yè)。

醫(yī)院現(xiàn)設(shè)學(xué)科（系）14個(gè)，科室（教研室）89個(gè)，亞專科186個(gè)，專科門診130多個(gè)，實(shí)際開放床位2667張。現(xiàn)有職工4637人，其中，高級(jí)職稱615人，碩士1096人，博士200人，研究生導(dǎo)師180人。享受政府特殊津貼4人；國(guó)家“萬(wàn)人計(jì)劃”1人；國(guó)家“千人計(jì)劃”3人；浙江省“千人計(jì)劃”10人；浙江省萬(wàn)人計(jì)劃中青年創(chuàng)新領(lǐng)軍人才1人；浙江省高層次創(chuàng)新人才5人；浙江省“151人才工程”34人；浙江省醫(yī)壇新秀7人；浙江省錢江人才計(jì)劃項(xiàng)目7人；全國(guó)名中醫(yī)1人，浙江省名中醫(yī)4人。

現(xiàn)擁有1個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)專科、1個(gè)國(guó)家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)建設(shè)專科；省重中之重臨床醫(yī)學(xué)一級(jí)學(xué)科4個(gè)專業(yè)方向、2個(gè)省高等學(xué)校重點(diǎn)扶植學(xué)科和重點(diǎn)專科、1個(gè)省高校創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)、12個(gè)省醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科、8個(gè)省中醫(yī)藥重點(diǎn)學(xué)科和專科；2個(gè)省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、5個(gè)市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室；5個(gè)市重點(diǎn)科技創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)；19個(gè)校級(jí)研究院所。獲國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)1項(xiàng)。在2018中國(guó)醫(yī)院科技量值排名中，我院及18個(gè)學(xué)科進(jìn)百?gòu)?qiáng)，其中，兒科學(xué)位列16名，變態(tài)反應(yīng)學(xué)、整形外科學(xué)位列22名，骨外科學(xué)位列26名。

作為溫州醫(yī)科大學(xué)第二臨床學(xué)院，擁有4個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)、12個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，是溫州醫(yī)科大學(xué)本科和碩士臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)來(lái)華留學(xué)生實(shí)習(xí)基地，形成了本科、碩士、博士、博士后、畢業(yè)后教育、留學(xué)生教育全方位、多層次的人才培養(yǎng)體系。特別是在住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)方面，目前擁有住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)專業(yè)基地21個(gè)，形成了以“分層漸進(jìn)、螺旋上升、頂崗負(fù)責(zé)、強(qiáng)化督導(dǎo)”為特點(diǎn)的“溫醫(yī)二院住培模式”，在國(guó)內(nèi)推廣運(yùn)用。麻醉學(xué)科在省內(nèi)最先試行住院醫(yī)師規(guī)范化培訓(xùn)與專業(yè)學(xué)位研究生并軌培養(yǎng)、四證合一培養(yǎng)模式，為全省鋪開此項(xiàng)工作提供必要的經(jīng)驗(yàn)。兒科、麻醉科成為溫州醫(yī)科大學(xué)規(guī)培示范專業(yè)基地。