東南大學醫(yī)學院前身為創(chuàng)建于1935年的中央大學醫(yī)學院，其后歷經(jīng)南京大學醫(yī)學院、中國人民解放軍第五軍醫(yī)大學、南京鐵道醫(yī)學院等重要時期，2000年4月并入東南大學。經(jīng)過幾代人的奮斗，醫(yī)學院現(xiàn)已發(fā)展成為東南大學培養(yǎng)醫(yī)學與生命科學精英人才的重要基地。學院培養(yǎng)了一大批科學家、教育家及各行各業(yè)的杰出人才，他們?yōu)樽鎳尼t(yī)學與生命科學教育和醫(yī)藥衛(wèi)生事業(yè)作出了巨大貢獻，其中，中國科學院院士賀林、楊煥明、樊嘉為學院八十年代培養(yǎng)的畢業(yè)生。

2012 年，我校獲批為全國第一批卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目試點高校，承擔了拔尖創(chuàng)新醫(yī)學人才培養(yǎng)模式改革試點和五年制臨床醫(yī)學人才培養(yǎng)模式改革試點兩個項目，2016年順利通過教育部臨床醫(yī)學專業(yè)認證。作為教育部重點建設綜合性大學的醫(yī)學院，堅持精英教育和培養(yǎng)卓越醫(yī)師的理念，遵循醫(yī)學和生命科學人才培養(yǎng)的規(guī)律，以一流的理論教學和臨床實習條件，多層次的國際化學習環(huán)境，致力于培養(yǎng)具有扎實醫(yī)學和生命科學基礎，有國際化視野和人文情懷的創(chuàng)新型醫(yī)學與生命科學專業(yè)人才。

學院擁有一支以學術(shù)造詣較深的專家教授為龍頭、中青年骨干教師為主體、結(jié)構(gòu)優(yōu)良的教學科研隊伍。有一大批從國外歸來或引進的年富力強的學科帶頭人和獲國內(nèi)著名高校博士學位的中青年骨干教師。現(xiàn)有“長江學者獎勵計劃”特聘教授1名；國家杰出青年基金獲得者4名；國家自然科學基金優(yōu)秀青年基金獲得者1名；國家“973”首席科學家2名；教育部新世紀優(yōu)秀人才8名；江蘇省特聘教授2名；江蘇省“333”工程和“青藍工程”學術(shù)帶頭人和優(yōu)秀骨干教師30多名；國家、省部級“有突出貢獻”的中青年專家多名。教師中有高級職稱300多人，其中博士生導師70余人，碩士生導師200多人，有20多人次分別擔任全國及省部級醫(yī)學雜志的主編、副主編及編委等職務，20多人次擔任各類中華醫(yī)學會各專業(yè)學會主委、副主委和委員等（如中華醫(yī)學會重癥醫(yī)學專業(yè)委員會主委邱海波、中華醫(yī)學會放射學會副主委滕皋軍等）。聘請了包括多名院士在內(nèi)的國內(nèi)外著名專家30多人為兼職教授。目前全日制在校生2200人，其中本科生1300人，碩士生700人，博士生200人。2006年我院首開東南大學整建制招收學位留學生先河，當年招收MBBS臨床醫(yī)學留學生60人，現(xiàn)有在校留學生400余人。

醫(yī)學院擁有基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、臨床醫(yī)學專業(yè)博士3個一級學科博士授權(quán)點，臨床醫(yī)學為省級重點學科，醫(yī)學技術(shù)為省優(yōu)勢學科。目前臨床醫(yī)學、生物學與生物化學、藥理學與毒理學、神經(jīng)科學與行為科學等4個學科已進入ESI全球前1%。各學科經(jīng)過長期積累，圍繞醫(yī)學影像、放射介入、重癥醫(yī)學、腎臟病學、腫瘤、神經(jīng)精神疾病、器官纖維化等已經(jīng)形成特色鮮明的重點研究方向，在國內(nèi)具有重要影響力。

學院的研究工作以轉(zhuǎn)化醫(yī)學為特色、醫(yī)工結(jié)合，開展多層次、多方位交叉研究，取得了豐碩的成果。近年來獲得國家“973”牽頭項目2項（首席），國家重點研發(fā)計劃牽頭項目2項、“國家杰出青年基金”項目4項，國家“973”二級課題、“863”計劃10余項，國家自然科學基金重點項目、重大國際合作項目、面上項目150余項，省部級項目100余項。近三年獲得國家科技進步二等獎1項，中華醫(yī)學一等獎1項，教育部自然科學/科技進步一等獎3項，江蘇省科技進步獎10項。近三年發(fā)表SCI論文300余篇，申請并獲得授權(quán)專利30多項。

學院國際化教育走在前列，先后與美國、德國、法國、英國、瑞典等多家國際著名醫(yī)學機構(gòu)和大學建立了穩(wěn)定的教學、科研合作關系。學院特別重視在國際合作環(huán)境中培養(yǎng)具有國際視野的優(yōu)秀學生，每年約近20%的學生有機會到國外著名醫(yī)院進行為期1-3個月的臨床實習和游學交流。2013年獲得國家留學基金委資助公派本科生出國實習及研學項目,每年選派10名本科同學赴德國漢堡大學、慕尼黑工業(yè)大學和瑞典烏普薩拉大學進行為期3-6個月的臨床實習或畢業(yè)設計。

2016年“中德臨床醫(yī)學專業(yè)學位人才培養(yǎng)項目”獲國家留學基金委研究生創(chuàng)新人才培養(yǎng)項目資助，每年選派10名臨床醫(yī)學專業(yè)學位碩士畢業(yè)生，赴德國漢堡大學和烏爾姆大學攻讀博士學位，“中瑞合作雙博士學位臨床醫(yī)學拔尖創(chuàng)新人才培養(yǎng)試點”項目于2018年獲批準資助，每年選派5名學生赴瑞典烏普薩拉大學，通過中瑞合作，獲中方瑞方雙學位博士。目前我院共有來自美國、新西蘭、印度、巴基斯坦、也門、布隆迪、尼日利亞、喀麥隆等40個國家的400多名留學生，就讀本科與研究生。學院已形成了從本科生、碩士生、博士生、博士后到留學生的一整套人才培養(yǎng)體系。近年來我院每年有30名左右本科生和研究生獲得國家留學基金委資助赴國外一流大學攻讀博士、碩士學位，其中包括美國哈佛大學、耶魯大學、哥倫比亞大學、斯坦福大學、約翰霍普金斯、倫敦帝國理工學院、多倫多大學、德國慕尼黑工業(yè)大學等世界一流名校進行深造。

醫(yī)學院以精英教育的理念，實行一體化培養(yǎng)，配備學習型和研究型導師，發(fā)揚優(yōu)良辦學傳統(tǒng)，充分利用綜合性大學理、工、醫(yī)、文、經(jīng)管等多學科交叉和教學科研資源優(yōu)勢，著力培養(yǎng)基礎扎實、知識面寬、能力強、素質(zhì)高、適應現(xiàn)代醫(yī)學與生命科學發(fā)展和社會需求的高層次、高素質(zhì)臨床醫(yī)學與生命科學方面的精英人才和領軍人物。2016年，由學院本科生組成的代表隊獲得第七屆全國高等醫(yī)學院校大學生臨床技能競賽華東分區(qū)賽團體特等獎和第七屆全國高等醫(yī)學院校大學生臨床技能競賽總決賽團體二等獎； 2013年獲得第十三屆大學生“挑戰(zhàn)杯”特等獎，2014年獲“創(chuàng)青春”全國大學生創(chuàng)業(yè)大賽公益創(chuàng)業(yè)類全國銀獎，2016年獲“創(chuàng)青春”全國大學生創(chuàng)業(yè)大賽公益創(chuàng)業(yè)類全國金獎兩項。近年來研究生就業(yè)率99.5%，本科生就業(yè)率98.9%，非七年制學生讀研率為34%，一大批優(yōu)秀本科生被免試保送到北京協(xié)和醫(yī)學院、北京大學、解放軍總醫(yī)院、復旦大學、北京師范大學、上海交通大學、浙江大學、中科院等國內(nèi)著名高校、醫(yī)療單位讀研，七年制優(yōu)秀學生有機會享受國家公派留學項目到國外大學攻讀博士學位。