醫院始終堅持“以保健為中心，以保障生殖健康為目的，保健與臨床相結合，面向基層，面向群體，預防為主”的辦院方向，堅持“兒童優先，母親安全”的服務宗旨，承擔全省婦女兒童的保健、醫療、科研、教學、計劃生育技術指導、健康教育培訓、婦幼衛生信息管理及婦幼保健領域對外交流等任務，是全省婦幼保健業務技術指導中心，也是世界銀行、世界衛生組織、聯合國兒童基金會、人口基金會、英國國際發展部等婦幼保健國際項目的合作單位和蘭州大學臨床教學醫院。2010年、2015年先后被確定為華中科技大學同濟醫學院和甘肅中醫藥大學研究生培養基地，2016年被評為甘肅中醫藥大學研究生聯合培養省級示范基地；2014年被評為全國健康促進與教育示范基地；2015年被評為母嬰友好項目示范醫院。2016年首批獲批“國家級兒童早期發展示范基地”，是我省唯一一家國家級兒童早期發展示范基地。

醫院創建于1942年，前身為甘肅省立蘭州高級助產職業學校附屬產院、甘肅省婦嬰保健院、甘肅省婦產科醫院，1978年正式更名為甘肅省婦幼保健院，建現址，總建筑面積43993m²，開設床位300張。2012年保健醫療綜合樓一期工程建成使用，開放床位1000張，建筑面積為59783m²，2014年12月，二期工程門急診保健樓竣工投入使用，建筑面積21375m²，2015年8月，甘肅省兒童醫學中心業務樓開工建設，規劃建筑面積35771m²，現已投入使用。2016年負責籌建甘肅省婦女兒童醫療綜合體項目（甘肅省婦幼保健院西院、甘肅省兒童醫學中心西院/國家兒童區域醫療中心、安寧新城醫院），總建筑面積計劃為38萬m²，設置床位2300張。

醫院婦科為甘肅省臨床醫學中心，產科、新生兒科和乳腺科為甘肅省臨床醫學重點學科。近年來，相繼建成了甘肅省生殖保健中心、甘肅省新生兒重癥救護中心、甘肅省兒童早期發展中心、甘肅省產前診斷中心、甘肅省新生兒疾病篩查中心、甘肅省孕產婦急救中心、甘肅省兒童急救中心、甘肅省醫學遺傳學中心；甘肅省婦幼保健院生殖醫學中心、乳腺微創中心、宮頸病變診治中心、腔鏡中心、生殖免疫診療中心、圍產醫學中心、盆底障礙性疾病診治中心和心血管中心等。2010年被確定為衛生部四級婦科內鏡手術培訓基地，腔鏡婦科和新生兒科被確定為甘肅省婦科內鏡和新生兒重癥救護醫療質量控制中心。2015年，獲批設立甘肅省兒科臨床醫學中心及甘肅省小兒呼吸內鏡醫療質量控制中心。2016年8月，甘肅省婦產科醫療質量控制中心、甘肅省兒科醫療質量控制中心掛靠醫院。2018年12月，甘肅省兒童重癥醫學質量控制中心掛靠醫院。

經過七十余年的艱苦創業，醫院取得了長足發展，先后三次榮獲“全國衛生系統先進集體”稱號，為全省婦幼衛生事業做出了突出的貢獻。