醫院著力構建特色學科群，學科建設成績顯著。擁有國家臨床重點專科10個：心血管內科、血液內科、重癥醫學科、地方病科、呼吸內科、普通外科、急診醫學科、老年病科、腫瘤科、臨床護理。國家中醫藥管理局重點專科1個：中醫腦病科。病理科是國家臨床重點專科建設項目；中醫脾胃病科是國家中醫藥管理局重點專科建設項目。

擁有6個廣西臨床重點專科：腎內科、小兒內科、神經內科、神經外科、麻醉科、護理學；9個廣西臨床重點專科建設項目：消化內科、產科、感染性疾病科、內分泌科、康復醫學科、婦科、骨科、血液內科、醫學影像科；6個廣西高校重點學科：兒科學、內科學、外科學、耳鼻咽喉頭頸外科學、病理學與病理生理學、急診醫學。

6個廣西醫療衛生重點學科：創傷骨科中心、普通外科、心血管科、呼吸疾病研究所、耳鼻咽喉頭頸外科學、兒科學；6個廣西醫療衛生重點建設學科：泌尿科學研究所、神經病學科、中西醫結合臨床、急診醫學、生殖醫學研究中心、血液內科；6個廣西婦幼健康服務重點學科：婦科學、產科學、兒科學、超聲醫學、醫學遺傳學、生殖醫學。

在“中國醫院各學科綜合指數排行榜”中位列全國第22名，13個學科進入全國前30名。在復旦大學醫院管理研究所發布的“2017中國醫院綜合實力排行榜”中，位列華南區第三名，其中有耳鼻喉科、心臟外科、消化內科、普通外科等34個學科在專科聲譽排榜中名列華南區前五。同時也是廣西進入中國醫院科技影響力排行榜TOP100的醫院。